Иоанн родился в иудейском городе Хевроне в семье священника Захарии и его жены Елисаветы, не имевших до этого детей. Супружеская пара уже достигла преклонного возраста, когда Архангел Гавриил, явившись Захарии в храме, предсказал ему рождение сына, которому будет дано имя Иоанн (что в переводе значит «Божья благодать»), и необычную судьбу ребенка.
Родители были счастливы, но вскоре на семью обрушились беды. После Рождества Иисуса Христа, которому Иоанн, появившийся на свет на полгода раньше, приходился родственником по материнской линии, царь Ирод приказал уничтожить всех младенцев. Спасая сына, Елисавета бежала в пустыню, а Захарию воины Ирода убили прямо в храме. Очень скоро после этого умерла и Елисавета. Как прошло детство Иоанна, точно не известно. А юношеские годы он провел в пустыне: жил в пещерах, носил одежду из верблюжьего волоса и питался акридами (съедобной саранчой) и диким медом.
Когда Иоанну исполнилось 30 лет, он, выполняя волю Божью, покинул пустыню, появился на берегах Иордана и начал готовить сынов Израилевых к приходу Спасителя мира, призывая их покаяться в грехах и принять Сына Божьего, крестя их в водах Иордана. Среди пришедших к Иордану был и Иисус Христос. Его крещение сопровождалось чудесами: присутствовавшие услышали голос Бога-Отца и увидели Святого Духа в виде голубя.